Gmina Jonkowo położona jest w centralnej części Województwa Warmińsko-Mazurskiego, na terenie Powiatu Olsztyńskiego.
W sąsiedztwie znajdują się gminy: Świątki (na północy), Dywity (wschód), Miasto Olsztyn (południowy-wschód), Gietrzwałd (południe) oraz Łukta (na zachodzie – Powiat Ostródzki).
Źródło: UG Jonkowo
